¿Tengo derecho a la compensación de la normativa europea si pierdo un vuelo de conexión?

Sí. Si los vuelos forman parte de una única reserva y, como consecuencia del retraso de uno de los tramos, pierdes la conexión y llegas a tu destino final con 3 horas o más de retraso, puedes tener derecho a la compensación prevista en el Reglamento (CE) 261/2004, salvo que la aerolínea demuestre que concurrieron circunstancias extraordinarias que no pudieron evitarse aunque se hubieran adoptado todas las medidas razonables. En los vuelos con conexión, el itinerario se considera en su conjunto para determinar la aplicación del Reglamento. Si el viaje comienza en la Unión Europea, se aplica aunque intervengan compañías no comunitarias; si comienza en un país tercero y termina en la UE, debe analizarse qué compañías operan los distintos tramos. Si compraste los vuelos por separado, cada reserva se analiza, en principio, de forma independiente y la pérdida de la conexión no queda protegida como un único itinerario.